Laptele matern este o primă metodă de a prelungi protecția bebelușului în fața microbilor, fiindcă prin alăptare se transmit anticorpi și bacterii benefice, care ajung în sistemul digestiv al acestuia și contribuie la formarea florei intestinale. Organizația Mondială a Sănătății recomandă alăptarea exclusivă până la șase luni, laptele matern fiind suficient pentru a asigura hrana, hidratarea, sprijinul imunitar și confortul emoțional al bebelușului. Chiar și după vârsta de șase luni, alăptarea poate să continue în paralel cu diversificarea alimentației.

Introducerea alimentelor solide contribuie la modificarea florei intestinale a copilului, contribuind la o diversitate și mai mare decât în perioada anterioară diversificării hranei. Iar flora intestinală a bebelușului are nevoie de nutrienți , iar cea mai bună sursă o reprezintă prebioticele.